На реках и озерах национального парка продолжается устойчивое падение уровня воды.

В течение всего безледного периода  сотрудники одела инвентаризации и мониторинга природных комплексов фиксируют устойчивое падение уровней на всех водоемах национального парка. На р. Ельша к концу сентября уровень упал до самых наименьших значений за весь период наших наблюдений и достиг отметки  всего 0,77 м, что почти  на 2 м ниже прошлогодних значений для этого периода.  На р. Половье уровень упал до отметки  0,18 м, на оз. Чистик уровень составляет всего 8 см от «0» поста, на оз. Баклановское – 14 см. Многие реки и протоки между озерами практически полностью пересохли. Так система озер Чистик – Круглое – Долгое – Глубокое потеряло сообщение между водоемами, реки Уреча, Сермятка и ряд других вообще не имеют течения.

Температурный режим  крупных озер  пока характеризуется четкой температурной стратификацией.  Температура  поверхностных слоев  упала до  17⁰С (оз. Баклановское) - 14⁰С (оз. Чистик, Дго). В  реках температура воды понизилась до 10-12⁰С.

В конце августа – начале сентября практически на всех озерах национального парка произошло просветление воды после летнего «цветения». Прозрачность достигла 3,5 (оз. Баклановское) – 7,5 м (оз.Чистик). Уже 4 год подряд на оз. Мутное в течении всего летнего сезона наблюдается повышенная прозрачность воды, что свидетельствует о переходе данного водоема в макрофитный тип.